スプレッドシート（Googleドライブが便利）での管理がおススメです。
品数が多かったり、日付が離れたり（農産物などは数か月後もあるので）でワケわかめになるので。
スプレッドシートで管理項目は下記程度かなと思います。
・注文日付
・証明書日付
・商品到着日付
日付に関しては３つもいらないかも？
・商品名（じぶんはざっくり：例：牛肉2kg 等）
・購入サイト
・金額
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・合計金額（SUM＝で）
途中経過として証明書や返礼品の到着確認、注文合計金額確認などを行ってます。
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自分の場合は所得が年末まで確定しない人です。
途中経過でふるさと納税で限度額の計算も必要です。
「寄付金受領証明書の保管」と「確定申告」が必要です。
例：
最初は所得をやや低めに見積もってふるさと納税控除の枠を使う。
年末に向かってほぼ固まってくる所得からの限度額までを使うように追加発注する。
＃ 安全マージンも考えて少し少な目？程度？